有關今(3)日媒體報導，雲林農田水利會會務委員會於109年8月31日自行推選會務委員為改制後之代會長，另有少數水利會相關人士亦規劃選舉代會長。農委會表示，依107年1月17日立法院三讀修正通過之農田水利會組織通則第40條規定，農田水利會會務委員及會長之選舉已停止辦理，同時對於臺灣15個農田水利會會長、會務委員原一屆4年任期應於107年5月31日屆滿任期，均予以延長2年4個月至109年9月30日，並規定農田水利會之改制及其資產處理、職員工作權益保障等事項，另以法律定之。規範農田水利會改制事項之「農田水利法」已由蔡總統於109年7月22日華總一經字第10900083031號令公布，該法第34條規定自該法施行之日起，農田水利會組織通則不再適用，農田水利會改制後納入政府機關成為灌溉管理組織，農田水利會原公法人定位即不存在，自無會長職務。另查農田水利會組織通則第18條會務委員會之職權亦不包含選舉代會長，相關會議及選舉結果均屬無效。
農委會進一步說明，該會已於9月1日函請雲林農田水利會詳細查明，若確有媒體報導選舉代會長情事，請該會員工勿協助違法會議之執行。農委會近期將公布各項農田水利法子法規，於行政院訂定農田水利法施行日後，即可將農田水利會順利改制納入公務機關，開啟我國農田水利事業嶄新時代。