一、邊境檢疫：所有入境及轉機旅客登機前須附3日內COVID-19核酸檢驗陰性報告
指揮中心指出，國際疫情持續嚴峻，預期今年底及明年初入境旅客數將增加，為加強防疫安全，自12月1日至明(2021)年2月28日(啟程地時間)，入境我國機場或經我國機場轉機的旅客，不論身分(本國籍與外國籍人士等)或來臺目的(求學、工作、外交公務等)，均應檢附「表訂登機時間前3日(工作日)內COVID-19核酸檢驗陰性報告」，始可登機來臺，並將由交通部督導各航空公司確實把關；若旅客抵臺後發現檢驗報告不實，或拒絕、規避、妨礙相關檢疫措施，得依傳染病防治法第58條及69條規定，處新臺幣1萬至15萬元罰鍰。檢驗報告不實部分，亦將追究偽造文書印文罪之刑責。
指揮中心表示，「COVID-19核酸檢驗陰性報告」需由啟程地政府機關許可設立之醫療院所開具，原則為英文、中文或中英對照版本。報告內容需備有「登機者之護照姓名」、「出生年月日(或護照號碼)」、「採檢日及報告日」、「疾病名稱」、「檢驗方法」及「判讀結果」等項目。相關配套措施及應配合事項如下：
- 法文及西班牙文等非中文或英文版本文件，若屬「啟程地官方語言」，且航空公司啟程地之地勤人員能確認報告內容，可予同意受理。
- 表訂登機前「3日內」檢驗報告之日期，以「報告日」及「工作日」計算，故可排除當地政府之國定假日。
- 檢驗報告可為紙本(正本/影本)或電子報告書形式，但內容應清晰可辨識，且經審視需備項目完整無誤。
- 檢驗方法需採用分子生物學核酸檢測(例如：PCR、RT-PCR、NAA、NAT等)；至於血清免疫學(Immunoserology)檢驗抗原(Ag)或抗體(IgG或IgM)，不符合本措施規範。
二、社區防疫：出入八大類場所應佩戴口罩，經勸導不聽者依法開罰
指揮中心表示，考量秋冬時期除了COVID-19疫情外，也有多種呼吸道傳染病盛行，都會加重醫療體系的負荷與調度壓力，為了提高民眾於高感染傳播風險場所佩戴口罩的遵循度，以降低呼吸道傳染病的感染與傳播，及避免過度耗用醫療資源，自12月1日起，強制要求民眾進入「醫療照護、大眾運輸、生活消費、教育學習、觀展觀賽、休閒娛樂、宗教祭祀、洽公」等八大類場所(場所舉例如附表)應佩戴口罩。未依規定佩戴口罩，經勸導不聽者，將依違反傳染病防治法第37條第1項第6款規定，由地方政府裁罰新臺幣3千元以上1萬5千元以下罰鍰。
指揮中心進一步說明，上述場所因具有不易保持社交距離，或會近距離接觸不特定對象(不認識的人)的特性，有較高的感染與傳播風險，因此要求進入該類場所活動的民眾佩戴口罩，除了有助於防範COVID-19外，對於其他各類經由飛沫、空氣傳播之疾病也能發揮防護效果。如果在上述場所內有飲食的需求，在與不特定對象保持社交距離或有適當阻隔設備的前提下，可在飲食期間暫時取下口罩。
至於人潮聚集的戶外場所(如戶外風景區、遊樂園、夜市、傳統市場等)，或是於戶外進行的公眾集會活動(如遊行、遶境、跨年晚會等)，建議業者或場所管理單位採用「人數總量管制」方式進行管控，使民眾在場所或活動中能持續、有效地保持社交距離，並請民眾如有發燒或呼吸道症狀等身體不適時，應避免前往上述場所，以及在不能保持社交距離時自主戴上口罩。也提醒公眾集會活動主辦單位應參考「COVID-19(武漢肺炎)因應指引：公眾集會」，評估風險及制定相關防疫應變計畫，並盡可能落實實聯制及佩戴口罩。
三、 醫療應變：加強通報採檢，訂定獎勵指標
指揮中心表示，為防範國內醫療體系於秋冬季面臨武漢肺炎及流感疫情之雙重負擔，秋冬專案中已將加強通報採檢列為重要防疫策略，並研擬四大措施，包括醫療院所落實法定傳染病通報義務；訂定「加強門診與急診社區感染肺炎病人篩檢」、「加強住院病人篩檢」及「強化醫療照護人員健康監測」等獎勵通報採檢指標；透過健保系統提醒加強通報採檢；修訂無COVID-19相關症狀居家隔離/檢疫者之採檢及相關處理流程。臨床醫師應提高警覺加強通報採檢，強化社區監測疑似個案通報或轉介；同時並請地方政府持續督導所轄醫療院所，鞏固醫療院所防疫陣線。
指揮中心指出，國際疫情持續嚴峻，臺灣防疫得以有效控制，有賴邊境檢疫人員、醫療院所、醫療照護人員持續堅守崗位，以及政府、民間攜手合作，守護國人健康；請民眾持續配合政府各項防疫措施，共同確保這得來不易的防疫成果。