農田水利署於109年8月7日奉行政院核准設立，於今(1)日舉行成立揭牌儀式，行政院農業委員會主委陳吉仲、前主委林聰賢，及農田水利會改制後由農委會派任的17位管理處長等共約200名人員參與。主委陳吉仲表示，水利會改制為公務機關後，讓農田水利事務的執行更加公開透明，對農民照顧將更有保障。
行政院於9月9日發布農田水利法亦於今日實施，農田水利會改制為農田水利署所轄管理處，農田水利會正式升格為公務機關。主委陳吉仲今日親自主持布達典禮，由前農委會企劃處長蔡昇甫接下印信，成為農田水利署第一任署長;接續布達全國17個農田水利會改制的管理處處長。布達儀式後，陳主委致詞表示，感謝蔡總統及行政院蘇院長對於農田水利政策的重視與支持，在行政院相關部會的協助下，於7月22日農田水利法公布後，以70天的時間成立農田水利署。對於農田水利法的施行，陳主委表達立法過程中，立法委員及社會各界的支持，及農田水利會同仁對於改制的認同表達感謝，才使農田水利法能順利於立法院三讀通過。
陳主委並表示，農田水利署的成立，代表了未來政府的灌溉服務的範圍將不再侷限於原有31萬公頃的水利會灌區，將可逐步擴大到全國68萬公頃生產糧食的農地，造福更多農民。此外，對於農田水利法賦予的公權力，取締污染灌溉水質等行為，對於確保農民用水權益及維護灌溉水質，都有很大的幫助。
陳主委也強調，農委會積極研訂農田水利子法規，以落實政府對水利會改制的承諾，充分保障原水利會員工的權益，資產專款專用於農田水利事業，基層灌溉服務不僅不打折，也會持續編列預算，讓農田水利設施更為完善。
對於新上任的農田水利署蔡昇甫署長，陳主委期許由農委會基層農田水利承辦人員做起的蔡署長，能夠領導農田水利署與農委會各項政策資源結合，發揮綜效。陳主委表示，今天就職的17位處長，均是具農田水利專業的人才，也相信全國17個農田水利會近3千位同仁正式加入農委會後，在他們的專業執行下，推動全國農田水利事務，可造福所有不分灌區內外的農民，有效率整合農業水資源，讓水資源這項公共財，發揮最大效益。
署長蔡昇甫表示，接下農田水利署的印信，心情是無比的榮耀，同時肩頭也承擔到巨大責任，未來農田水利署將確實辦理三大工作，第一、加強農田水利建設，運用智慧科技提高用水效率。第二、落實執行公權力，即時處置灌溉用水遭受汙染事件，保障農作物生產安全。第三、擴大灌溉服務農民，以因地制宜，逐步提供精準的灌溉服務，讓所有需要灌溉的農民，都可以享受到政府的服務。並藉由農田水利基礎建設結合農糧政策，讓農田水利結合農業政策發揮綜效，開展農田水利事業及全國農業發展嶄新一頁。
